A pesar de que el enfrentamiento comienza en el IPN, se extendió rápidamente a la UNAM. En los días posteriores al 22 de julio ocurren diversos enfrentamientos entre granaderos y estudiantes; uno de los puntos más críticos ocurre el 26 de julio en el Antiguo Barrio Universitario.

Los disturbios de esos días se distinguen por el uso de gas lacrimógeno, camiones incendiados, bombas molotov, encarcelamientos y la aparición de los primeros cadáveres de jóvenes que tenían entre 14 y 17 años. Durante la noche del 29 de julio, el ejército desaloja las preparatorias 1, 2, 3, 5 y 7 de la UNAM y las Vocacionales 2, 5, 7 del IPN, además de la Escuela de Arte Dramático del INBA. La puerta principal de la Preparatoria 2, de origen colonial, es destruida con un disparo de bazuca. Al día siguiente, el ejército entrega todas las instalaciones, excepto la Preparatoria 5 de la UNAM.

Los enfrentamientos continuaron creciendo y ya no afectan solo a estudiantes de la UNAM y el IPN. El 26 de julio, brigadas de agentes de la Dirección Federal de Seguridad (auxiliados por miembros del Servicio Secreto) allanaron las oficinas y talleres de la Juventud Comunista y el Partido Comunista Mexicano. Ahí realizaron diversas detenciones a quienes se encontraban ahí.

A pesar de las declaraciones que un día antes había hecho el CNH y la Coalición de Maestros donde exigieron diálogo público con las autoridades y afirmaron que: “El movimiento no tiene relación alguna con la próxima Olimpiada que se llevará a cabo en esta Ciudad Capital, por lo que de ninguna manera desean entorpecer una actividad de carácter internacional en la cual todos los mexicanos tenemos la responsabilidad de la representación de nuestro país, tanto en lo deportivo, social y cultural”. El ejército irrumpe en la Vocacional 7 del IPN a fuerza de metralletas, rifles M-1, máusers y pistolas.

Posterior a la manifestación, los estudiantes se proponen realizar un campamento permanente hasta la obtención del diálogo público o bien, a la aparición del presiente Díaz Ordaz para el Informe Presidencial. A media noche, después de avisar por los altavoces del Zócalo, salen tanquetas del Palacio Nacional y los estudiantes que permanecían en la plancha son desalojados.

Después de los brutales enfrentamientos de policía y ejército contra los estudiantes, a fuerza de 15 carros blindados y 600 efectivos en transporte, el ejército ocupa el Casco de Santo Tomás. Horas más tarde, la Unidad Profesional de Zacatenco es tomada por 1,000 soldados en 13 tanques ligeros y 30 transportes. Solo queda libre la Vocacional 7 del IPN, ubicada en la Unidad Habitacional Nonoalco Tlatelolco, por lo que, de ahí en adelante esta se concentrará como zona estudiantil.

Choques violentos entre estudiantes y elementos de la policía. En la Vocacional 7, Zacatenco y el Casco de Santo Tomás del IPN, los granaderos lanzan bombas de gases lacrimógenos y los estudiantes se defienden con botellas con gasolina, conocidas con el nombre de “bombas molotov”. En la madrugada, El Colegio de México (Colmex) es objeto de un ataque de tiros por parte de desconocidos. Al siguiente día, continuaron los enfrentamientos hostiles, principalmente cerca de las escuelas en huelga.

Cerca de las 10 de la noche es allanada la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM). Los soldados comienzan a desalojar en orden a estudiantes, padres de familia —que en ese momento celebraban una asamblea-, maestros, funcionarios y empleados. Son detenidas cerca de 500 personas.

Tres contingentes del ejército habían tomado posiciones para avanzar hacia Tlatelolco para cerrar el paso a los estudiantes. Dicha táctica militar se llamó Operación Galeana, estuvo al mando del General Crisóforo Pineda y se conformó de: 3 Escuadrones Blindado de Reconocimiento,4 Batallónes de Infantería, 1 Batallón de Infantería de Guardias Presidenciales y 1 Batallón De Paracaidistas.

En los dos días siguientes a la masacre, Tlatelolco continua ocupado por el ejército. Algunos medios de comunicación hacen denuncias sobre lo ocurrido. Ramírez (1969) señala: “El aspecto que ofrecía la Plaza de las Tres Culturas, esta mañana, era desolador: las gentes que salían hacia sus lugares de trabajo no hablaban, sólo se concretaban a mirarse entre sí; en la explanada, frente al edificio Chihuahua y a un costado de la iglesia de Tlatelolco, cubrían el piso volantes, pancartas y propaganda que no alcanzó a ser repartida, así como zapatos de todo tipo, de hombre, de mujer y de niños”.

En la Unidad Habitacional Nonoalco Tlatelolco son atacados directamente algunos edificios, entre ellos, ISSSTE 11 y Atizapan. Además, han provocado muertes en los edificios Molino del Rey, Revolución de 1910, 5 de Febrero, Aguascalientes, San Luis Potosí, Tamaulipas, Torre de Relaciones Exteriores y Chihuahua. El ejército rodea toda la zona y avanza desde el poniente y el sur, forzando la salida de los estudiantes por el norte de la explanada.

En la Ciudadela se registra una pelea entre estudiantes de la Secundaria-Preparatoria Isaac Ochoterena (UNAM) y las Vocacionales 2 y 5 (IPN). Un grupo de granaderos intervienen de forma violenta e irrumpen en el edificio de la Vocacional 5. Aparecen los primeros heridos y el conflicto se habrá de extender por varios meses más.

El Comité Nacional de Huelga había llamado a una manifestación de la Plaza de las Tres Culturas hacia el Caso de Santo Tomás del IPN para exigir la salida del ejército del Instituto Politécnico Nacional, pero ésta no se lleva a cabo bajo el aviso de un extenso despliegue policial. No obstante, a las 6:10 de la tarde, después de que un par de bengalas iluminaran el cielo, inicia una balacera entre ejército y el Batallón Olimpia, lo que provoca una masacre de jóvenes, estudiantes, adultos, mujeres, ancianos y niños. En las horas siguientes se contabilizan varios centenares de heridos y alrededor de dos millares de detenidos.

En el Centro Histórico confluyen dos manifestaciones: la conmemorativa de la Revolución Cubana, cuyos participantes habían pedido permiso previamente al Departamento del Distrito Federal, y la segunda, en la que se reunieron estudiantes para designarse contra la represión vivida en la Ciudadela. Ambas manifestaciones coinciden en el Hemiciclo a Juárez de la Alameda y deciden encaminarse juntas al Zócalo capitalino. Sus integrantes son golpeados, reprimidos y algunos encarcelados por el cuerpo de granaderos y el ejército en las calles 5 de Mayo y Palma.